A primitiva Igreja de Santa Maria foi fundada no interior do Castelo de Borba em 1260 e entregue pelo rei D. Afonso III à Ordem Militar de Avis. No entanto, em 1420, D. Fernão Rodrigues de Sequeira mandou construir uma nova igreja na sua actual localização, por aí ter aparecido, num bosque de sobreiros, a imagem da Virgem Maria. Em 1560, o Cardeal D. Henrique mandou reconstruir a actual igreja, seguindo o modelo da Igreja de santo Antão de Évora.